С 1995 года — в журнале «Новое время» — The New Times: обозреватель, заместитель главного редактора, с января 1998 года — 1-й заместитель главного редактора.
С 1998 года — в газете «Известия»: в июне — сентябре 1998 года — редактор отдела экономики; в сентябре 1998 — январе 2000 года — редактор отдела политики; с января 2000 года — политический обозреватель; с февраля 2005 года — заместитель главного редактора.
Был (и продолжает оставаться) обозревателем интернет-газеты Gazeta.ru[1], колумнистом «Российской газеты» и журнала «Профиль», постоянным автором «Независимой газеты» и газеты «Новое русское слово» (США), журнала «Огонёк», заведующим московским отделением литературного журнала «Время и мы» (США), обозревателем программы «Человек и общество» московского бюро радио «Свобода». В апреле 1997 года — главный редактор первого номера антифашистского журнала «Диагноз».
Гулиев В. Е., Колесников А. В. Отчуждённое государство: проблемы политического и правового отчуждения в современной России. — М.: «Манускрипт», 1998 (2-е издание — 2004). — 214 с.
Колесников, Андрей, Привалов, Александр. Новая русская идеология. Хроника политических мифов. 1999—2000. — М.: Издательство ГУ ВШЭ, 2001. — 364 с. — 3000 экз. — ISBN 5-7598-0098-1
Колесников, Андрей. Неизвестный Чубайс. Страницы из биографии. — М.: «Захаров», 2003. — 160 с. — 20 000 экз. — ISBN 5-8159-0377-9.
Премия Адама Смита (1999), присуждаемая Институтом экономики переходного периода (ныне — Институт экономической политики им. Е. Т. Гайдара) «за отстаивание экономической свободы в России»[4]